Sí, especificando la capa a emplear en los comandos correspondientes. Por ejemplo, el comando Puntos > Importar, debe activarse la casilla Dibujar Puntos, y mediante el botón Capa puede elegirse el nombre de la capa destino.

Por otra parte, si los puntos están dibujados, puede emplearse el comando Puntos > Cambiar > Cambiar Capa para modificar la capa a la que pertenezca el conjunto de puntos seleccionado.

En realidad, los puntos de MDT pueden estar distribuidos en cualquier capa, se detectarán de forma automática.